Les partenariats éducatifs entre professeur·es du second degré et intervenant·es extérieur·es créent des situations de classe inhabituelles qui bouleversent les rôles de chacun·e. Cet article propose d’analyser sociologiquement les relations conflictuelles entre professeur·es et médiateur·ices scientifiques à travers l’étude d’un cas de projet éducatif collaboratif en sciences en classe de 6e, en éclairant la place sociale de chacun et les enjeux du partenariat. Grâce à une enquête qualitative menée par observations et entretiens, il s’agit dans un premier temps de restituer la forme que prend le conflit entre les partenaires, et les explications que ces derniers en donnent, avant de procéder à une prise de distance objectivante qui rende raison des multiples justifications. Dans le cas exposé ici, c’est l’inversion implicite des rôles dans le partenariat et la concurrence inexprimée entre deux démarches pédagogiques différentes (pédagogie active des médiateur·rices et pédagogie transmissive des professeur·es) qui occasionne le conflit et bloque la collaboration.